diversity                       package:unknown                            RDocumentation

Data Input

Description:

	Indices de diversidade de amostras. Le tabelas de amostras em formato data.frame e calcula os principais indices de diversidade α para diferentes amostras. Os possiveis indices calculados nesta funçao sao Numero de individuos (N), Numero de especies (S), Indice de Margalef (Dmg), Indice de Menhinick (Dmn), Rarefacao, Indice de Shannon (H’), Indice de Brillouni (HB), Indice de Simpson (1/D), Indice de McIntosh (U) e Indice de Berger Parker (d). 

Usage:

	diversity(x, size=TRUE,  random=TRUE)

Arguments:

x	dataframe com os dados 

size	se TRUE (default) calcula os indices de Margalef e Menhinick. Se FALSE calcula rarefaçao.

random	se TRUE (default) calcula o indice de Shannon. Se FALSE calcula o índice de Brillouni. 		

Details:

	Os dados introduzidos na funçao devem ser um data.frame. Todas as tabelas devem ter na primeira coluna o nome/codigo das especies e o cabecalho com o numero/codigo/nome das diferentes amostras. 
	As equaçoes dos indices desta funçao sao calculados seguindo a metodologia proposta em Magurran (1991).

Value:
	Retorna uma matriz onde a primeira coluna mostra os indices calculados, e o cabecalho mostra as diferentes amostras respeitando a ordem da tabela (data.frame) original introduzida na funçao. 

Author:

	Joan Manel Alfaro Lucas
	joan@usp.br

References:

	Magurran, A. E. (1991) Ecological Diversity and its Measurement. Princeton University Press. Princeton. Pp. 179.

Examples:

>species <- (read.table("species1.txt",head=T))
>species

  Index site1 site2 site3 site4 site5
1   sp1     0     3     2     4     2
2   sp2     4     3     0     5     4
3   sp3     1     0     1     2     1
4   sp4     2     3     0     4     3
5   sp5     2     3     0     0     2
6   sp6     1     2     1     0     0
7   sp7     4     3     1     0     0
8   sp8     2     0     1     4     3

> diversity(species,size=T,random=F)

                           1          2          3          4          5
Individuals (N)   16.0000000 17.0000000  6.0000000 19.0000000 15.0000000
Species (S)        7.0000000  6.0000000  5.0000000  5.0000000  6.0000000
Margalef (Dmg)     2.1640426  1.7647806  2.2324425  1.3584931  1.8463469
Menhinick (Dmn)    1.7500000  1.4552138  2.0412415  1.1470787  1.5491933
Brillouni (HB)     1.3897694  1.4031252  0.9810173  1.2802676  1.3167603
Simpson (1/D)      8.0000000  8.5000000 15.0000000  5.8965517  7.5000000
McIntosh (U)       0.7681392  0.7765848  0.8932724  0.6983789  0.7587444
Berger Parker (d)  0.2500000  0.1764706  0.3333333  0.2631579  0.2666667

> diversity(species,size=F,random=T)

                           1          2          3          4          5
Individuals (N)   16.0000000 17.0000000  6.0000000 19.0000000 15.0000000
Species (S)        7.0000000  6.0000000  5.0000000  5.0000000  6.0000000
Rarefy             4.3942308  4.3823529  4.3166667  3.8797730  4.2527473
Shannon (H')       1.8195113  1.7823028  1.5607104  1.5723855  1.7140875
Simpson (1/D)      8.0000000  8.5000000 15.0000000  5.8965517  7.5000000
McIntosh (U)       0.7681392  0.7765848  0.8932724  0.6983789  0.7587444
Berger Parker (d)  0.2500000  0.1764706  0.3333333  0.2631579  0.2666667

